Bunun nedeni uygulama görünüm temasında "Oracle" seçili olarak çalışmasından dolayımış. Bu ayarı "Windows" olarak değiştirince sorun düzeliyor. Ayarı değiştirip uygulamayı yeniden başlatmak gerekiyor.
Ayar değiştirme kısmı:
Üst menü -> Tools -> Prefences... -> Environment ekranında Look And Feel ayarını Oracle'dan Windows olarak değiştirilip, uygulama yeniden başlamaya onay verilmelidir.
Kaynaklar:
http://ahmetdagtas.com/?p=284%20DAHA%20FAZLA%20G%C3%96STER
http://www.muratoner.net/oracle/oracle-sql-developer-nesnelerin-gozukmeme-problemi
